حملات سایبری یکی از عظیمترین تهدیدات برای امنیت سیستمهای کنترل SCADA به حساب میآیند. عوامل مخرب توان این را دارند که با رخنه در این سیستمها، کنترل آنها را بهدست گیرند و به زیرساختهای حیاتی صدمه بزنند.
تهدیدات داخل سازمانی نیز جزو مشکلات دیگر هستند. عدم رضایت کارمندان یا کوتاهی کردن در وظایفی مانند رعایت پروتکلهای امنیتی احتمال این را ایجاد میکند که به امنیت سیستمهای کنترل (SCADA) ضربه وارد کند.